논문: 금수저

그룹에서 새 페이퍼가 나왔다. 교수님이 논문에 이름이 올라간 애들한테 축하한다고 말해주는데 처음 보는 이름이 있었다. 2년반동안이나 그룹에 있었는데 모르는 사람이 있어서 의아했다. 물어보니까 옆 랩 교수님 딸인데, 방학동안 랩에 와서 실험배우고 간단한 실험을 도와주었다고 한다. 그래서 고등학생이 Chem. Mat. 페이퍼를 가지게 됐다. 과학계의 금수저.

그 애의 아버지가 교수가 아니었다면 걔한테 그런 기회가 왔을까…

왠지 허탈하다.

논문: 그래프

요즘 부쩍 예쁜 그래프에 관심이 많이 생겼다. 그래서 내 전공이 아닌 논문도 후루룩 훑어보고 마음에 드는 그래프가 있으면 Mendeley figure section에 따로 저장을 해둔다.

그러다보니 표절에 가까운 (…) 그래프가 나오기도 한다. 그래프 스타일로 표절 테스트에서 걸리진 않겠지만 왠지 마음 한구석이 찝찝하다.

예전에는 논문 그래프는 무조건 오리진으로 그려야지라고 생각했는데, 요새는 엑셀을 더 많이 사용하는 편이다. 돌이켜 생각해보니 내가 논문에 사용한 그림 중에 오리진을 사용해야될만큼 복잡하거나 방대한 양의 데이터를 다루는 것은 없었던 것 같다.

그리고 엑셀에서 기본으로 제공하는 파스텔톤 색깔이 너무 마음에 든다. 예전 지도교수님은 색을 이용한 그래프보다는 흑백프린터를 사용하는 연구자들을 위해서 패턴을 이용한 그래프를 강조하셔서 다양한 색깔을 사용할 기회가 없었다. 하지만 지금 지도교수님은 따로 말씀이 없으셔서 마음대로 시도해보고 있다.  하루종일 그래프 하나 그리고 있는 걸 알면 속상하시겠지…

 

논문: Electronic Coupling

근 2년간 작업한 논문이 오늘 억셉되었다.

메인과제가 실험과의 코웍이라 직접 실험을 해야되는 시간이 많아지면서 컴퓨터가 노는 시간도 덩달아 늘어났다. 나는 일하는데 컴퓨터가 노는 꼴을 보자니 왠지 화가나서 스크립트 한번 짜 놓으면 우려먹을 수 있는 벤치마크 페이퍼나 하나 써보자는 생각으로 시작했다.

지금 돌이켜보면 초고는 진짜 쓰레기였다. Mean signed error, mean unsigned error, standard deviation 분석 결과를 바탕으로 이런 방법론이 제일 좋다는 것만 제시하는, 분석이나 화학적 통찰은 전혀없는 정말 잘해봐야 JPC A 겨우 갈 수 있는 페이퍼였다. 결과는 꽤 흥미로운것 같은데 왜 이렇게 밖에 못 쓸까 정말 답답했다.

폴 형님이 초고에 양념을 좀 쳤다. 막연하게 overlap integral이 커서 결과가 이렇다고 써 놓은 걸 self-interaction error를 이용해서 수치를 근거로 제시하니까 페이퍼가 꽤 괜찮아보였다. 이정도면 JCTC급은 되겠다는 생각을 했고, 더 이상 발전할 수 있는 방향이 딱히 보이진 않았다.

폴 형에게 논문을 보내면 보통은 하루 이틀안에 답장이 오는데 이번엔 거의 일주일이 걸렸다. 논문의 앞뒤를 완전히 뒤집어 엎으라고 했다. 벤치마크 결과가 이러니까 이 방법이 제일 좋고 그 근거는 이렇다가 아니라, 그 방법이 제일 좋을 수밖에 없는 근거를 수식으로 먼저 보여주고 벤치마크 결과가 우리의 수식을 확인해준다는 식으로. 지금 써놓고 보니까 그거 그냥 단락 순서만 바꾸면 되지 않냐고 할 수도 있는데 너무 힘들었다. 이미 내 사고방식이 전자에 맞춰져있다보니 논리전개가 잘 되지 않았다. 아무튼 우여곡절 끝에 수정본을 다시 폴에게 보냈다.

폴이 manuscript를 2500단어로 줄이고, 그림숫자를 3-4개로 맞추라고 했다. JPC letter에 투고할 수 있다는 기대감에 마음이 두근거렸다. 자질구레한 말들을 다 처내고 정말 중요하다고 생각되는 내용만 남겨놓고보니 깔끔해서 좋았다. 무엇보다도, 기존의 이론에 여러가지 approximations을 사용해서 간단화시킨 정도지만 내가 유도한 수식을 논문에 쓸 수 있다는 것이 가장 뿌듯했다.

수식을 전개해보는 것은 처음이라 유도하는 것도 힘들었지만, 논문 형식으로 깔끔하게 쓰는 것은 더 힘들었다. 폴 형이 논문 영어를 잘 쓴다는 것은 이미 알고 있었지만, 다시 한번 정말 대단하다고 느낀 부분은 내가 준 20줄 가까운 수식을 보기좋게 배열해서 가독성을 엄청나게 높인 점이다. ‘아, 이런 사람이 교수하는구나’하는 존경심이 들면서 ‘나는 아직 멀었구나’ 하는 절망감도 같이 느꼈다. 굳이 영어로 표현하자면 ‘나는 논문을 write할줄은 알아도, articulate할줄은 모르는구나…’ 내가 교편을 잡는 기회가 온다면 학생들에게 폴형의 논문을 꾸준히 읽힐 생각이다. 분야에 상관없이 영어공부의 목적으로. 물론 나도 같이…

그리고 이 논문을 쓰면서 지도교수님이랑 직접 만나서 대화한적은 10번, 아니 5번도 안되는 것 같다. 거의 모든 의사소통을 이메일로 한 것 같다. 이것은 나에 대한 배려인가…

Letter의 좋은 점 중 하나는 피드백이 엄청나게 빠르다는 거다. 투고하고 2주만에 리뷰가 왔고, 리비전도 1주만에 끝냈다. Submit하고 23일만에 출간. 모든 논문 진행이 이렇게 빠르면 얼마나 좋을까. 빠른 리젝, 빠른 억셉.

논문: Impact Factor 2016

임팩트 팩터 따위 신경쓰지 않고 내가 좋아하는 연구를 하겠다고 말하고 싶지만, 남들이 나의 연구 성과를 평가할 때 가장 먼저 보는 것이 임팩트 팩터이다보니 무심해지기가 어렵다.

심지어 대학교수 임용때도 팩터10이상인 논문이 있는가 없는가가 서류통과 기준인 곳도 있으니.

아무튼 2016년 임팩트 팩터가 나왔다.

내가 처음으로 1저자 논문을 낸 Journal of Computational Chemistry는 3.648에서 3.229로  0.4 가까이 떨어졌다. 나같은 놈의 논문을 받아주어서 그런걸까… 저널 순위도 화학 41위에서 53위로 12계단이나 하락했다. 사실 JCC는 논문을 좀 쉽게 받아준다는 생각이 들긴 했다. 리비전 과정에서 받은 코멘트들이 날카롭다는 느낌을 받지 못했다.

Inorganic Chemistry는 4.820에서 4.857로 거의 현상 유지. Inorganic Chemistry 부문 4위도 계속 유지.

Journal of Physical Chemistry C도 4.509에서 4.536으로 거의 현상 유지. 물리화학 분야 30위에서 31위로 내려갔지만 여전히 Q1 유지.

이런 저런 저널들을 찾아보다가 자연대생이라면 누구나 한번은 꿈꿔보는 네이처를 찾아봤다. 40이 넘는 임팩트 팩터 자체도 압박이지만, category가 그냥 Multidisplinary Science인 것이 진짜 간지다. 나는 저런 저널 언제 한번 써보나…

논문: 너무 빨라도, 너무 늦어도

교수님에게 draft를 보내고 나서 답장이 너무 빨리 오면 ‘이렇게 금방 코멘트를 달 수 있을정도로 형편이 없나’ 하는 생각에 우울해지고, 너무 늦게 오면 ‘그렇게 고칠 것이 많나’ 싶어서 우울해진다.

지금은 후자의 이유로 우울함.

논문: 리젝2

올해 두번째 리젝

자의에 의해 서브밋을 안했으므로 리젝이라고 하기도 뭣하다만…

아무튼 왜 서브밋을 안한건지 모르겠다.

리뷰어가 영어만 지적하고 다른건 특별히 지적하지 않아서 무난히 억셉되는 각이었는데…

하….

 

논문: 리젝

지난달에 “Journal of Inorganic Chemistry”에 투고했던 논문이굉장히 신랄한 비판과 함께 리젝당했다.

사실 시스템이 금속이란 거를 제외하곤 무기화학과 전혀 관련이 없지만 임팩트 팩터에 눈이 멀어가지고 한 번 찔러봤던거라 기대가 없었던만큼 실망할 것도 없다만 코멘트들을 읽다보니까 굉장히 화가 난다.

몇 가지 코멘트를 소개하면,

  1. 방법은 logic하지만, 결과는 maximal error를 낼 게 분명하다.
    — ‘is going to’라니…
  2. 에너지, 엔탈피, 깁스 자유 에너지를 섞어써서 따라가기가 어렵다.
    — 틀린 것도 아니고…
  3. Zero point energy를 무시하면 안된다.
    — 그래서 포함시켰습니다만…
  4. 상대론 효과를 어떻게 봤다는건지 잘 모르겠다.
    — 상대론계산-비상대론계산=상대론효과 아닐까요?
  5. Parameter tweaking은 해선 안된다.
    –대가가 하면 최적화, 쪼랩이 하면 트위킹이죠.
  6. 엔트로피가 왜 나오냐?
    — 하……
  7. CAM-B3LYP은 이런 시스템 계산을 목적으로 만들어지지 않았다.
    — 제가 몰랐네요…

이외에도 제대로 읽은건지 의심스러운 질문이 많이있다.

일방적으로 말도 안되는 코멘트를 줄창 받으니까 화가 난다.

리뷰어가 누군지 알려줄 필요는 없지만 리뷰어를 평가하는 시스템도 도입해야된다고 생각한다.

아주 중요한 논문을 인용하지 않았다고 빼애애애액하는걸로 봐서 리뷰어가 이 논문의 저자일 가능성이 높은데, 다시는 이런 리뷰어에게 심사받고 싶진 않다.

 

 

화학: PES using Diabatic States

이번에 논문을 준비하면서 diabatic state 두 개를 포개서 adiabatic potential energy surface (PES)를 그려야할 일이 있었다.

Screen Shot 2017-04-07 at 2.29.40 PM

Image source: Wikipedia

파워포인트로 대충 그리니까 기울기가 달라서 마음에 들지 않아가지고, 엑셀로 2차 곡선과 4차 곡선 두개를 그려보았다.

Screen Shot 2017-04-07 at 2.52.12 PM.png

대충 형태는 비슷하게 나오는데 두 개의 2차 곡선을 겹친 느낌이 전혀 나지 않았다.

수학전공인 친구한테 물었더니 두 개의 2차 곡선을 그린 다음에 위의 그래프는 max로 아래의 그래프는 min으로 하라고 했다. 이건 사실 수학을 전공했기 때문에 줄 수 있는 어드바이스가 아니라 센스가 좋아서 떠오른 아이디어 같다. 어쨌든 머리가 트인놈은 다르다.

Screen Shot 2017-04-07 at 2.53.37 PMx=0에서 스무스하지가 않다. 그래서 저 부분만 임의로 값을 바꿔주면 꽤 그럴듯한 adiabatic PES를 얻을 수 있다. 두 그래프 간격이 너무 벌어진다 싶으면 max graph를 일정한 값만큼 낮춰주면 된다.
Screen Shot 2017-04-07 at 2.54.10 PM

조금 더 신경쓰면 점선으로 diabatic states까지 표현 가능.Screen Shot 2017-04-07 at 2.50.04 PM.png

Asymmetric parabola 두개를 겹쳐도 잘 된다.

Screen Shot 2017-04-07 at 3.16.33 PM.png

어디선가 나같은 고통을 겪고있을 영혼들을 위해 엑셀 파일 공유. AdiabaticPES


두 parabola의 minimum y값 차이가 커질수록 그래프가 급격하게 개판이 된다.

Screen Shot 2017-04-07 at 4.29.01 PM.png

저렇게 되는 이유는 기본전제가 두 그래프가 x=0에서 cross한다는 것이기 때문이다. 하나의 그래프가 아래쪽으로 내려가면 두 포물선이 교차하는 x값이 점점 작아지게 되고, 그 지점을 따로 찾아서 그곳을 기준으로 모양을 다듬어야한다.

이것이 너무나 번거로워서 결국 python 출동!

##################

#### VARIABLE ####

##################

# Range of x-value

x_min=-10

x_max=10

# position of reactant and product on x-axis

x_react=-4

x_prod=4

# Delta G

# If negative (positive) value is given, the product (reactant) form is more stable

# dG should be k*2*x_react*x_prod

dG=-16

# shift of max curve

max_shift=-20

######################

def first_parabola(x):

    y=(x-x_prod)**2+dG

    return y

def second_parabola(x):

    y=(x-x_react)**2

    return y

printx diabatic1 diabatic2 adabatic1 adiabatic2

for x in xrange(x_min,x_max+1):

    x_cross=(x_react**2+dG+x_prod**2)/(2*x_react*x_prod)

    fpx=first_parabola(x)

    spx=second_parabola(x)

    fpxc=(first_parabola(x-1)+first_parabola(x+1)-max_shift)/2

    spxc=(second_parabola(x-1)+second_parabola(x+1)-max_shift)/2

    if x==x_cross:

        print x, fpxc, spxc, “#“, “#

    else:

        if x<x_cross:

            print x, fpx-max_shift, spx, min(fpx,spx), max(fpx,spx)-max_shift

        else:

            print x, fpx, spx-max_shift, min(fpx,spx), max(fpx,spx)-max_shift

print\nMessage

printTwo parabola cross at x=“, x_cross

printNeed to adjust value near that point

여전히 x_cross와 그 주변에서의 값들을 손 보아야하는 번거로움이 있다..

Screen Shot 2017-04-07 at 4.26.13 PM.png

화학: Research Proposal and Award

지난달에 폴 형이 ACS Phys Division Postdoctoral Research Award에 지원해보라고 했다.

실험이랑 콜라보를 해왔다고 하지만 big paper가 있는 것도 아니고 빡세게 이론을 판 커리어도 아니라 수상 가능성이 낮아보였다. 그래도 지도교수들에게 research proposal에 대한 코멘트를 받을 수 있는 기회가 자주 오는 것은 아니니까 열심히 준비해보기로 마음을 먹었다.

Research proposal 쓰는 요령을 폴이 간단하게 말해주었다. 이때까지 해온 과제 중에서 두 개 혹은 세 개를 메인으로 정하고, 벤다이어그램을 그려서 그것들이 겹치는 부분이 있는지 보라고 했다. 거기서 출발해서 더 확장할 거리가 있는지를 생각해보라는 것이다. 자기는 ground state reaction path 찾는 코드를 만들었고 singlet fission (excited state) mechanism 밝히는 걸 주로 했으니, 그걸 바탕으로 excited state reaction path 찾는 코드를 제안했다고 한다.

교집합 바깥으로 점프할 때 너무 큰 스텝을 취하면 전혀 관련없는 주제로 보여서 안되고, 너무 소심하게 점프해서 주변을 벗어나지 못하면창의성이 부족해보여서 안된다고…

아무튼 폴 형은 reaction path 연구를 잘 활용하는 것 같다. 지금은 표면까지 확장해서 표면에서의 반응경로 찾기도 하고, ground state에서도 mechanic force가 존재하는 특수 상황에서의 반응경로를 찾기도 한다. 거기다가 machine learning을 이용한 반응경로찾기까지…  이렇게 다양한 새끼과제를 만들 수 있는 큰 주제를 어떻게 생각해냈을까.

며칠을 고민하다가 singlet fission과 OLED의 짬뽕을 제안하는 과제를 끄적여서 보여줬더니 폴이랑 테드 (실험 PI) 둘 다 좀 더 과감한 목표를 세워보라고 했다. 내 나름에는 엄청 과감한 목표라고 생각했는데, 벤다이어그램이 그려진 전체 종이의 넓이를 모르니까 내가 점프한게 얼마나 되는건지조차 감을 못잡나보다. 몇 번 그렇게 주고 받으면서 고치고 처음에 준비한 것을 다시 보니 제자리 점프로 느껴질 정도였다.

아무튼, 수상자로 선정됐다! 살다보니 이런 행운이 오는 날도 있구나 싶다. Committee들이랑 저녁을 먹어야하는 것이 조금 부담이긴 하지만 뭐 어떻게든 되겠지.

서류 준비하면서 committee들이 그냥 지니치지 않도록 최대한 신경썼다.

  • Formatting
    내용이 아무리 네이처급이라고 한들, fotmatting이 그지 같아서 그냥 패스당하면 무슨 소용이랴 . 특히나 이런 서류는 하나하나 다 읽어볼 가능성이 0이기 때문에 눈에 잘 띄게 만드는게 중요한 것 같다. Bold, italic, underline, tab의 적절한 사용이 가독성을 얼마나 올려주는지 느꼈다.
  • Image 또는 Scheme
    Fotmatting과 같은 맥락인데 빽빽한 줄글로 빼곡하게 써져있으면 당장 나부터도 손이 안 갈 것 같다. Image나 scheme을 두 페이지에 한 개 정도 넣어주면 글과 그림의 균형이 대략 맞는 것 같다. 거기다가 색 조합까지 잘 선택하면 더욱 그럴듯해보인다. 예전에는 삼색조합이 짱이라고 생각했는데 딱히 그런것 같지도 않다. 여기와서 다양한 새로운 색조합을 많이 보게됐는데, 그 중에서 노란색-갈색-보라색-회색 조합이 제일 마음에 든다.  아무튼 요새 저런거에 빠져서 이것저것 많이 찾아봤는데, 아도비에서 제공하는 색 조합 중에 괜찮은게 꽤 많다.

잡담: Ph.D. Candidacy talk

카이스트에선 프로포잘 혹은 예비심사라고 부르는 걸 여기서는 Ph. D. candidacy talk라고 한다.

지난 월요일 날 전혀 모르는 사람에게서 이메일을 하나 받았다. 자기 practice talk에 와서 코멘트를 좀 해줄 수 있겠냐고. 받는사람은 심사위원 4명의 그룹이메일이 적혀있었다.

한국에서 연습할 땐 랩 사람들앞에서 해보는 것이 보통이었다. 하는 일이 비슷한 사람들끼리 모여서 하는 연습이다보니 다른 분야의 사람이 어떤 것을 궁금해하는지 예측하기가 어려웠다.

오늘 발표한 애는 레이저 실험을 주로 하는 학생이었는데, 듣는 사람은 계산1, 레이저2, 고분자1이었다.

자기가 보기엔 아주 당연해보이는 것도 조금만 분야가 다른 사람이 보면 전혀 이해가 안되는 경우가 종종 있다. 그러다보니 질문이 많아졌고, 그 과정에서 생산적인 의견도 꽤나 많이 나온 것 같다.