논문: 너무 빨라도, 너무 늦어도

교수님에게 draft를 보내고 나서 답장이 너무 빨리 오면 ‘이렇게 금방 코멘트를 달 수 있을정도로 형편이 없나’ 하는 생각에 우울해지고, 너무 늦게 오면 ‘그렇게 고칠 것이 많나’ 싶어서 우울해진다.

지금은 후자의 이유로 우울함.

논문: 리젝2

올해 두번째 리젝

자의에 의해 서브밋을 안했으므로 리젝이라고 하기도 뭣하다만…

아무튼 왜 서브밋을 안한건지 모르겠다.

리뷰어가 영어만 지적하고 다른건 특별히 지적하지 않아서 무난히 억셉되는 각이었는데…

하….

 

논문: 리젝

지난달에 “Journal of Inorganic Chemistry”에 투고했던 논문이굉장히 신랄한 비판과 함께 리젝당했다.

사실 시스템이 금속이란 거를 제외하곤 무기화학과 전혀 관련이 없지만 임팩트 팩터에 눈이 멀어가지고 한 번 찔러봤던거라 기대가 없었던만큼 실망할 것도 없다만 코멘트들을 읽다보니까 굉장히 화가 난다.

몇 가지 코멘트를 소개하면,

  1. 방법은 logic하지만, 결과는 maximal error를 낼 게 분명하다.
    — ‘is going to’라니…
  2. 에너지, 엔탈피, 깁스 자유 에너지를 섞어써서 따라가기가 어렵다.
    — 틀린 것도 아니고…
  3. Zero point energy를 무시하면 안된다.
    — 그래서 포함시켰습니다만…
  4. 상대론 효과를 어떻게 봤다는건지 잘 모르겠다.
    — 상대론계산-비상대론계산=상대론효과 아닐까요?
  5. Parameter tweaking은 해선 안된다.
    –대가가 하면 최적화, 쪼랩이 하면 트위킹이죠.
  6. 엔트로피가 왜 나오냐?
    — 하……
  7. CAM-B3LYP은 이런 시스템 계산을 목적으로 만들어지지 않았다.
    — 제가 몰랐네요…

이외에도 제대로 읽은건지 의심스러운 질문이 많이있다.

일방적으로 말도 안되는 코멘트를 줄창 받으니까 화가 난다.

리뷰어가 누군지 알려줄 필요는 없지만 리뷰어를 평가하는 시스템도 도입해야된다고 생각한다.

아주 중요한 논문을 인용하지 않았다고 빼애애애액하는걸로 봐서 리뷰어가 이 논문의 저자일 가능성이 높은데, 다시는 이런 리뷰어에게 심사받고 싶진 않다.

 

 

잡담: 채식

  1. 예전에 채식한다는 사람의 이야기를 듣고 참 별난 사람들도 다 있네라고 생각하곤 말았다. 그러다가 문득 사람은 먹으면 안되는데 소, 돼지, 닭을 먹는 것은 왜 괜찮은가라는 질문이 떠올랐다. 그럴듯한 대답을 찾지 못해 답답했다. 단백질 섭취 때문에 어쩔 수 없다고 생각해보려했으나, 점심 저녁 야식까지 꼬박꼬박 고기를 챙겨먹고 가죽자켓을 입는 놈이 할 수 있는 변명은 아니었다. 내가 육식을 하는 이유는 단 하나. 맛있으니까였다. 동물이 불쌍하다고 여기면서도 단 하나의 이유, 맛있다는 것 때문에 포기하지 못했다.
  2. ‘육식의 종말’을 읽고 나서 채식을 해야겠다는 동기가 조금 더 강해졌다. 식량은 남아돈다고 하는데 아직도 굶어죽는 사람이 있는 이유, 공장화된 축산업의 폐해, 소를 필두로 한 가축들이 만들어내는 엄청난 양의 온실가스 등. ‘그래, 채식을 하는 것은 여러모로 좋지만 고기반찬이 안 나오는 곳이 없는데 채식하면 밥은 어디가서 먹어? 지금 당장은 못하지만 언젠가 기회가 오면 할꺼야’라고 또 한번 넘겼다.
  3. 미국에는 채식주의자가 많다. 거의 모든 음식점이 채식주의자를 위한 메뉴를 다 따로 갖추고 있다. 채식을 시도해볼 절호의 기회가 왔지만 꽃등심 300g에 5불밖에 하지않는 상황에 굴복해버렸다. 지난 두 해동안 미친듯이 고기를 먹었다. 저녁으로 스테이크를 해먹은게 얼마나 많았던지 프라이팬 하나가 코팅이 다 벗겨졌다.
  4. 몇년을 미루던 채식을 드디어 실행에 옮겼다. 한 3주 정도 된 것 같다. 가장 엄밀한 의미의 채식주의자 (영어로 vegan이라고 불리는)는 아니지만 고기 섭취는 엄청나게 많이 줄였다. 소고기 순두부는 버섯 순두부로, 양고기 기로는 팔라펠 기로로, 시저 샐러드 대신 그리스 샐러드, 비빔밥엔 두부토핑을, 카레엔 양파, 감자, 당근, 브로콜리만 넣는 등 메뉴를 다 바꿨다.
  5. 사실 남은 평생을 채식주의자로 살 수 있을 것 같지는 않다. 살다보면 고기를 먹어야하는 자리가 생길 수도 있으니까. 언젠가는 이것도 극복할 수 있는 때가 오겠지. 아무튼 나 스스로의 선택으로 고기를 먹게되는 일은 거의 없지 않을까.

책: 모자를 아내로 착각한 남자

2017년 10번째 책

최근에 문학 종류를 계속 읽다보니 교양과학 분야의 책이 좀 당겼다. 논문이나 읽을 줄 알았지 교양과학 책은 어떤걸 읽어야 좋을지도 몰랐다. 이것저것 뒤지다가 고른게 모자를 아내로 착각한 남자. 읽고 나서보니 교양과학이라기보단 에세이집에 좀 더 가까운 것 같긴 하다만.

정신병을 앓고 있는 사람을 단순히 병을 보유한 개체로만 보는게 아니라 그 사람들 각각의 이야기를 들려주는 것이 흥미로웠다.  ‘저 사람은 뇌의 어디가 다쳐서 구체적인 것은 못 보고 추상적인 것만 인식합니다’와 같은 과학 교과서 같은 서술이 아니라 그 사람들이 보는 세상이 어떨지 상상하고, 환자들의 처지를 공감하고 애석해하는 모습이 인상적이었다.

자폐증세를 보이는 아이들이 6자리 7자리 소수말하기 놀이를 한다는 것은 전에 다른 곳에서도 본적이 있었는데 어떤 메커니즘인지 궁금하다. 컴퓨터로 계산을 해도 한참이 걸리는 것을 몇 분만에 줄줄 말한다는 것은 자폐증에 걸리면 사람 연산이 컴퓨터보다 빨라지거나 아예 다른 방법을 사용한다는 것이다. 전자일 가능성은 거의 없다고 보면 우리가 모르는 완전히 다른 방법으로 소수를 찾는 것일텐데, 그게 어떤 것일지 궁금하다. 그러고보니 인간이 정말 두뇌를 제대로 활용하고 있는 것인지 의심스럽기까지하다.

 

화학: PES using Diabatic States

이번에 논문을 준비하면서 diabatic state 두 개를 포개서 adiabatic potential energy surface (PES)를 그려야할 일이 있었다.

Screen Shot 2017-04-07 at 2.29.40 PM

Image source: Wikipedia

파워포인트로 대충 그리니까 기울기가 달라서 마음에 들지 않아가지고, 엑셀로 2차 곡선과 4차 곡선 두개를 그려보았다.

Screen Shot 2017-04-07 at 2.52.12 PM.png

대충 형태는 비슷하게 나오는데 두 개의 2차 곡선을 겹친 느낌이 전혀 나지 않았다.

수학전공인 친구한테 물었더니 두 개의 2차 곡선을 그린 다음에 위의 그래프는 max로 아래의 그래프는 min으로 하라고 했다. 이건 사실 수학을 전공했기 때문에 줄 수 있는 어드바이스가 아니라 센스가 좋아서 떠오른 아이디어 같다. 어쨌든 머리가 트인놈은 다르다.

Screen Shot 2017-04-07 at 2.53.37 PMx=0에서 스무스하지가 않다. 그래서 저 부분만 임의로 값을 바꿔주면 꽤 그럴듯한 adiabatic PES를 얻을 수 있다. 두 그래프 간격이 너무 벌어진다 싶으면 max graph를 일정한 값만큼 낮춰주면 된다.
Screen Shot 2017-04-07 at 2.54.10 PM

조금 더 신경쓰면 점선으로 diabatic states까지 표현 가능.Screen Shot 2017-04-07 at 2.50.04 PM.png

Asymmetric parabola 두개를 겹쳐도 잘 된다.

Screen Shot 2017-04-07 at 3.16.33 PM.png

어디선가 나같은 고통을 겪고있을 영혼들을 위해 엑셀 파일 공유. AdiabaticPES


두 parabola의 minimum y값 차이가 커질수록 그래프가 급격하게 개판이 된다.

Screen Shot 2017-04-07 at 4.29.01 PM.png

저렇게 되는 이유는 기본전제가 두 그래프가 x=0에서 cross한다는 것이기 때문이다. 하나의 그래프가 아래쪽으로 내려가면 두 포물선이 교차하는 x값이 점점 작아지게 되고, 그 지점을 따로 찾아서 그곳을 기준으로 모양을 다듬어야한다.

이것이 너무나 번거로워서 결국 python 출동!

##################

#### VARIABLE ####

##################

# Range of x-value

x_min=-10

x_max=10

# position of reactant and product on x-axis

x_react=-4

x_prod=4

# Delta G

# If negative (positive) value is given, the product (reactant) form is more stable

# dG should be k*2*x_react*x_prod

dG=-16

# shift of max curve

max_shift=-20

######################

def first_parabola(x):

    y=(x-x_prod)**2+dG

    return y

def second_parabola(x):

    y=(x-x_react)**2

    return y

printx diabatic1 diabatic2 adabatic1 adiabatic2

for x in xrange(x_min,x_max+1):

    x_cross=(x_react**2+dG+x_prod**2)/(2*x_react*x_prod)

    fpx=first_parabola(x)

    spx=second_parabola(x)

    fpxc=(first_parabola(x-1)+first_parabola(x+1)-max_shift)/2

    spxc=(second_parabola(x-1)+second_parabola(x+1)-max_shift)/2

    if x==x_cross:

        print x, fpxc, spxc, “#“, “#

    else:

        if x<x_cross:

            print x, fpx-max_shift, spx, min(fpx,spx), max(fpx,spx)-max_shift

        else:

            print x, fpx, spx-max_shift, min(fpx,spx), max(fpx,spx)-max_shift

print\nMessage

printTwo parabola cross at x=“, x_cross

printNeed to adjust value near that point

여전히 x_cross와 그 주변에서의 값들을 손 보아야하는 번거로움이 있다..

Screen Shot 2017-04-07 at 4.26.13 PM.png

화학: Research Proposal and Award

지난달에 폴 형이 ACS Phys Division Postdoctoral Research Award에 지원해보라고 했다.

실험이랑 콜라보를 해왔다고 하지만 big paper가 있는 것도 아니고 빡세게 이론을 판 커리어도 아니라 수상 가능성이 낮아보였다. 그래도 지도교수들에게 research proposal에 대한 코멘트를 받을 수 있는 기회가 자주 오는 것은 아니니까 열심히 준비해보기로 마음을 먹었다.

Research proposal 쓰는 요령을 폴이 간단하게 말해주었다. 이때까지 해온 과제 중에서 두 개 혹은 세 개를 메인으로 정하고, 벤다이어그램을 그려서 그것들이 겹치는 부분이 있는지 보라고 했다. 거기서 출발해서 더 확장할 거리가 있는지를 생각해보라는 것이다. 자기는 ground state reaction path 찾는 코드를 만들었고 singlet fission (excited state) mechanism 밝히는 걸 주로 했으니, 그걸 바탕으로 excited state reaction path 찾는 코드를 제안했다고 한다.

교집합 바깥으로 점프할 때 너무 큰 스텝을 취하면 전혀 관련없는 주제로 보여서 안되고, 너무 소심하게 점프해서 주변을 벗어나지 못하면창의성이 부족해보여서 안된다고…

아무튼 폴 형은 reaction path 연구를 잘 활용하는 것 같다. 지금은 표면까지 확장해서 표면에서의 반응경로 찾기도 하고, ground state에서도 mechanic force가 존재하는 특수 상황에서의 반응경로를 찾기도 한다. 거기다가 machine learning을 이용한 반응경로찾기까지…  이렇게 다양한 새끼과제를 만들 수 있는 큰 주제를 어떻게 생각해냈을까.

며칠을 고민하다가 singlet fission과 OLED의 짬뽕을 제안하는 과제를 끄적여서 보여줬더니 폴이랑 테드 (실험 PI) 둘 다 좀 더 과감한 목표를 세워보라고 했다. 내 나름에는 엄청 과감한 목표라고 생각했는데, 벤다이어그램이 그려진 전체 종이의 넓이를 모르니까 내가 점프한게 얼마나 되는건지조차 감을 못잡나보다. 몇 번 그렇게 주고 받으면서 고치고 처음에 준비한 것을 다시 보니 제자리 점프로 느껴질 정도였다.

아무튼, 수상자로 선정됐다! 살다보니 이런 행운이 오는 날도 있구나 싶다. Committee들이랑 저녁을 먹어야하는 것이 조금 부담이긴 하지만 뭐 어떻게든 되겠지.

서류 준비하면서 committee들이 그냥 지니치지 않도록 최대한 신경썼다.

  • Formatting
    내용이 아무리 네이처급이라고 한들, fotmatting이 그지 같아서 그냥 패스당하면 무슨 소용이랴 . 특히나 이런 서류는 하나하나 다 읽어볼 가능성이 0이기 때문에 눈에 잘 띄게 만드는게 중요한 것 같다. Bold, italic, underline, tab의 적절한 사용이 가독성을 얼마나 올려주는지 느꼈다.
  • Image 또는 Scheme
    Fotmatting과 같은 맥락인데 빽빽한 줄글로 빼곡하게 써져있으면 당장 나부터도 손이 안 갈 것 같다. Image나 scheme을 두 페이지에 한 개 정도 넣어주면 글과 그림의 균형이 대략 맞는 것 같다. 거기다가 색 조합까지 잘 선택하면 더욱 그럴듯해보인다. 예전에는 삼색조합이 짱이라고 생각했는데 딱히 그런것 같지도 않다. 여기와서 다양한 새로운 색조합을 많이 보게됐는데, 그 중에서 노란색-갈색-보라색-회색 조합이 제일 마음에 든다.  아무튼 요새 저런거에 빠져서 이것저것 많이 찾아봤는데, 아도비에서 제공하는 색 조합 중에 괜찮은게 꽤 많다.

게임: Uncharted 4

작년 블랙프라이데이 때 필 받아서 PS4를 질렀다.

중학교 때 PS2로 비디오 게임에 처음 입문하여 귀무자랑 메탈기어솔리드, 위닝 등을 플레이하면서 완전히 새로운 세계를 접했었다. 엄마가 이 게임들은 너무 리얼하게 잔인하니까 동생이랑은 같이하지말라고 하셨던게 기억난다. 귀무자 같은 경우는 사람을 칼로 자르면 진짜 칼질한 방향으로 반토만이 났으니까…

아무튼 그 시절의 향수를 잊지 못하고 나이 30에 비디오 게임을 다시 시작했다.

첫 타이틀은 Uncharted 4.

보물 탐험대 암벽등반가 드레이크 형제가 해적 에이버리가 숨긴 보물을 찾는 내용이다. 잠입액션을 기대했는데, 그냥 자연 속에서 벽타는 게 게임의 70-80 %를 차지한다. 무슨 암벽등반위원회에서 만든것도 아니고…

그래픽이 엄청나게 발달해서 풍경을 보는 재미가 쏠쏠했다. 황무지, 산, 바다, 강, 시가지 등 다양한 배경들이 나오는데 영화보다 더 영화같은 느낌.

악당들과의 교전이 가끔 나오긴 하지만, 대부분은 목적지까지 가기위해 벽을 타고 강을 건너고 수수께끼와 퍼즐을 푸는 그런 게임이다. 느긋하게 한량배처럼 풍경구경하면서 천천히 게임을 즐길 수 있다.

괜히 욕심이 생겨가지고 숨겨진 보물을 다 찾으려고 해보았으나, 시간도 너무 오래걸리고 힘들어서 포기해버렸다. 게임을 제대로 즐기고 싶으면 맵 전체를 싹싹 뒤지면서 숨겨진 보물을 다 찾는 것을 추천한다.

내 플레이영상을 뫃아놓았다. 플스카메라를 늦게 사서 챕터 1-10이 없는 것이 조금 아쉽지만…

 

 

영화: Manchester by the Sea

2017년 13번째 영화

스크린샷 2017-03-28 오후 8.40.56.png

처음 제목을 듣고는 ‘바다 옆 동네 마을 맨체스터’ 이런 느낌인 줄 알았는데, 도시 이름이 manchester-by-the-sea라는 곳이 있다. 보스턴 북동쪽에 있다.

스크린샷 2017-03-28 오후 8.43.25.png

첫 장면에서 리와 그의 형 조, 그리고 조의 아들 패트릭은 세상에서 가장 행복한 가족으로 보인다. 셋이서 배 타고 바다로 나가서 낚시하고, 삼촌이랑 조카가 장난치고… 나도 언젠가 결혼을 하고 동생도 결혼을 해서 조카가 생기면, 아빠같은 큰아빠가 되어주고 싶다는 생각을 했다. 친구보다 가까울수 있는 친척.

그러다가 어느 날 형인 조가 죽는 것으로 이야기가 시작된다.

대성통곡을 할 줄 알았는데 리는 의외로 담담하다. 아들인 패트릭은 한술 더 떠서 아빠의 시신을 보고 1초도 되지 않아 저녁으로 피자를 먹자라고 말하면서 나가버린다. 더 나아가 이 철부지 조카는 그날 밤 친구들을 자기집에 불러서 스타트렉 이야기 따위나하면서 놀고, 여자친구가 집에서 자고 가도 좋냐고 묻는다. 왜 아무도 슬퍼하지 않는걸까. 오래 지병을 앓아왔기 때문에 예견된 죽음이라 그런걸까.

대놓고 슬퍼하는 모습은 나오지 않지만 리는 계속 외롭고 쓸쓸해보인다. 말도 별로 하지 않고, 물에 물탄듯 술에 술탄듯 무미건조하게 장례식 준비를 해나간다. 그래서 리는 원래 말수가 없는 캐릭터인가보다했는데, 과거 회상씬을 보면 밤 늦게까지 친구들과 맥주마시고 노는 그런 사람이었다. 바로 그날, 자신의 실수로 일어난 화재 때문에 세 명의 자식을 몽땅 잃고나서 완전히 사람이 변한 것 같다. 슬픔에 쌓여서 말조차 하지 않게 된 것이겠지. 차를 어디 주차했는지 기억하지 못하는 것들도 전부 스트레스 반응으로 보인다.

뭐 저런 인간이 있나 싶은 패트릭도 굉장히 인간적인 모습을 보인다. 추운 날씨 탓에 묘지를 팔 수가 없어 장례식을 봄까지 미루어야된다고 하자, 그러면 그 추운곳에 아빠를 두어야하냐고 항의한다. 삽으로 팔 수 없으면 굴삭기로 파면 되지 않냐고. 그날 밤 냉장고에 냉동된 닭을 보고 트라우마 반응을 보인다. 아빠도 저 추운 곳에 있을 거라며…

리의 실수로 세 자식을 잃고나서 실의에 빠져있을 때 형인 조가 아무 가구도 없는 리의 집에 소파를 들여주는 등많은 도움을 준다. 형인 조가 동생인 리를 도와주고, 이번에는 삼촌인 리가 조카 패트릭을 도와주는 그런 삶의 모습인 것 같다.

언제까지고 우울하고 활력없는 삶을 살 것만 같은 이들도, 조의 장례식을 끝내고나서 일상의 생활로 돌아간다. 하나의 과정을 잘 마무리 짓는 것이 새로운 출발에 얼마나 중요한 것인지, 최근에 직접 겪어본지라 더 공감이 되었다.

게임: Starcraft Remastered

작년부터 이야기가 나왔던 것 같은데 드디어 공식발표가 나왔다.

스타크래프트1 리마스터링.

다행히 새로운 유닛을 추가한다거나 밸런스를 조정하는 등의 삽질을 하지 않고 그래픽만 향상시켰다.

트래일러를 보니 저그 건물 디자인 변화가 제일 눈에 띈다.

두근두근!!